Научно-систематизированная экспозиция Музея Института геологических наук им К. И. Сатпаева представлена отделами: вводным, стратиграфии, интрузивных комплексов, палеонтологии, минералогии и самым крупным отделом полезных ископаемых. В каждом из отделов приведен полный комплекс научно систематизированных монографических коллекций. В статье освещен материал только по отделу полезных ископаемых Казахстана. Коллекции полезных ископаемых представлены металлическим, неметаллическим и углеводородным сырьем. В музее представлены образцы руд всех крупных месторождений Казахстана. Коллекционные фонды отдела полезных ископаемых постоянно пополняются новыми информационными материалами и претерпевают частичные реконструкционные изменения.